Anfang 2003 fiel der offizielle Startschuss für das Projekt Vetsuisse, d.h., die Fusion der beiden veterinärmedizinischen Fakultäten Bern und Zürich zu einer Vetsuisse-Fakultät Schweiz. Dieses bisher grösste und wichtigste Kooperationsprojekt in der Schweizerischen Hochschullandschaft dient der Qualitätssicherung in Forschung, Lehre und Dienstleistung sowie dem Ausbau der internationalen Wettbewerbsfähigkeit der Schweiz in der Veterinärmedizin. Im März 2006 haben die Parlamente der Kantone Bern und Zürich das Vetsuisse-Konkordat verabschiedet, welches die Rechtsgrundlage der Vetsuisse-Fakultät bildet. Die offizielle Begründung der Vetsuisse-Fakultät erfolgte auf den 1. Sept. 2006.
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Das oberste strategische Organ der Vetsuisse-Fakultät ist der Vetsuisse-Rat, dem die beiden Rektorinnen oder Rektoren der Universitäten und jeweils ein weiteres Mitglied der Universitätsleitungen, je ein Mitglied des obersten Organs der Universitäten sowie je eine Vertreterin oder ein Vertreter der zuständigen kantonalen Direktion angehören. Der Vetsuisse-Rat legt die strategischen Vorgaben für die Planung fest.
Die Geschäftsleitung der Vetsuisse-Fakultät besteht aus dem Vetsuisse-Dekan oder der Vetsuisse-Dekanin und den Standortdekaninnen/-dekanen. Der Vetsuisse-Dekan leitet die Fakultät und vertritt sie gegen aussen. Er/sie ist insbesondere zuständig für die Ausarbeitung und Umsetzung der Planung, den Mitteleinsatz an beiden Standorten der Vetsuisse-Fakultät, den Abschluss von Leistungsvereinbarungen mit den Organisationseinheiten, die Antragstellung bei Berufungen, die Zusammenarbeit mit nationalen und internationalen Gremien und die Öffentlichkeitsarbeit. Die Vetsuisse-Dekanin oder der Vetsuisse-Dekan wird durch die Standortdekaninnen/Standortdekane unterstützt, welche insbesondere für spezifische Angelegenheiten der Standorte Bern und Zürich zuständig sind. Weitere gemeinsame Fakultätsgremien sind die Kommission für Berufungs- und Beförderungsgeschäfte sowie der Ausschuss sowie die Forschungs- und Lehrkommission.